Parkom prirode upravlja Ustanova koju je osnovala Vlada Republike Hrvatske Uredbom o osnivanju Javne ustanove Park prirode Papuk (Narodne novine br. 96/99), a u izravnoj je nadležnosti  Ministarstva zaštite okoliša  i prirode.

Djelatnost Ustanove uključuje zaštitu, održavanje i promicanje parka prirode u cilju zaštite i očuvanja bitnih značajki i uloge Parka prirode, osiguravanje neometanog odvijanja prirodnih procesa i održivog korištenja prirodnih dobara, te nadzor nad provođenjem uvjeta i mjera zaštite prirode na zaštićenom području.

Tijela Javne ustanove su: Upravno vijeće, ravnatelj i stručni voditelj. Upravno vijeće upravlja Ustanovom, a sastoji se od pet članova koje imenuje ministar. Poslovanje Ustanove organizira i vodi ravnatelj kojeg imenuje ministar na razdoblje