Parkom prirode upravlja Ustanova koju je osnovala Vlada Republike Hrvatske Uredbom o osnivanju Javne ustanove Park prirode Papuk (Narodne novine br. 96/99), a u izravnoj je nadležnosti  Ministarstva gospodarstva i regionalnog razvoja.

Djelatnost Ustanove uključuje zaštitu, održavanje i promicanje parka prirode u cilju zaštite i očuvanja bitnih značajki i uloge Parka prirode, osiguravanje neometanog odvijanja prirodnih procesa i održivog korištenja prirodnih dobara, te nadzor nad provođenjem uvjeta i mjera zaštite prirode na zaštićenom području.

Tijela Javne ustanove su: Upravno vijeće, ravnatelj i stručni voditelj. Upravno vijeće upravlja Ustanovom, a sastoji se od pet članova koje imenuje ministar. Poslovanje Ustanove organizira i vodi ravnatelj kojeg imenuje ministar na razdoblje od četiri godine. Stručni rad Ustanove vodi stručni voditelj, kojeg na prijedlog ravnatelja imenuje Upravno vijeće Ustanove na razdoblje od četiri godine.

Članovi Upravnog vijeća Javne ustanove Park prirode Papuk su:

  1. Matej Majdenić, predsjednk
  2. Tanja Šinko, član
  3. Matej Begić, član
  4. Marija Vreš, članica
  5. Anita Lovreković, članica