Suhi, vapnenački travnjaci nalaze se na jugozapadnim obroncima Papuka. Tlo travnjaka je prilično plitko i suho. Vapnenački travnjaci imaju vrlo bogatu floru i stanište su brojnim rijetkim vrstama, poput kaćuna (orhideje) muhine kokice (Ophrys insectifera), malog kaćuna (Orchis tridentata) te panonske djeteline (Trifolium pannonicum).

Područje Turjak – Mališćak – Pliš – Lapjak obuhvaća izolirana staništa kontinentalnog krša s pojedinačnim otvorenim travnjačkim staništima unutar kojih se razvila specifična, rijetka i ugrožena zeljasta flora s vrstama kao što su modra sasa (Pulsatilla grandis), nježna kockavica (Fritillaria orientalis), zečica (Phyteuma orbiculare) i kavkaski divokozjak (Doronicum orientale).

Botanički vrlo vrijedno područje Turjaka, stanište je najmanjem gušteru u Hrvatskoj – ivanjskom rovašu (Ablepharus kitaibelii).

Vlažni travnjaci pokrivaju vrlo mala područja, ali su stanište jednoj od ugroženih vrsta biljaka u Hrvatskoj – plućnoj sirištari (Gentiana pneumonanthe), te močvarnom plavcu (Phengaris alcon alcon) –    kritično ugroženom i strogo zaštićenom leptiru.

Zbog svog zanimljivog i složenog životnog ciklusa, močvarni plavac oduvijek je bio predmet mnogih istraživanja. Naime, ovaj leptir dolazi samo na određenom tipu staništa – vlažnim livadama na kojima raste njihova biljka hraniteljica plućna sirištara (Gentiana pneumonanthe), ili rjeđe šumska sirištara (Gentiana asclepiadea), te na kojima su prisutni mravi domaćini, roda Myrmica. Odrasli leptiri močvarnog plavca pojavljuju se tijekom srpnja i kolovoza kada nakon oplodnje polažu jaja na biljku hraniteljicu. Nakon desetak dana iz jajašaca izlaze male gusjenice koje se uvlače u cvjetni pup, gdje se hrane dijelovima biljke. Nakon otprilike tri tjedna u toplo predvečerje, kada je aktivnost mrava najveća, gusjenica progrize svoj put kroz cvijet i na svilenoj niti spusti se na tlo. Na stražnjem dijelu svog tijela ona izlučuje slatku tekućinu koja privlači mrave, koji ju zbog toga odnose u svoj mravinjak. U mravinjaku se radnici mrava prema gusjenici ponašaju kao prema vlastitim ličinkama – hrane ih i čiste. Kao ličinke, gusjenice u mravinjaku provode sedam do osam mjeseci te se u proljeće zakukulje blizu izlaza iz mravinjaka. Nakon mjeseca dana, najčešće u srpnju, iz kukuljice izlijeću odrasli leptiri. U Hrvatskoj je ova vrsta prvi put zabilježena tek 2004. godine u Nacionalnom parku Plitvička jezera,a nakon toga je pronađena još na samo dva lokaliteta u kontinentalnoj i gorskoj Hrvatskoj od kojih je jedan i Park prirode Papuk.

Danas je sav travnjački ekosustav u opasnosti od nestajanja zbog nestanka tradicionalne, nisko-intenzivne poljoprivrede koja se bazirala na košnji i ispaši ovih travnjaka. Livade i pašnjaci na kojima raste grmlje i šikara nisu dobro stanište za travnjačke vrste.

Bogatstvo voda Papuka izuzetna su prirodna osobitost Parka prirode koju čine specifična geološka građa i reljefna te klimatska osobitost područja. Vršni greben Papuka predstavlja hidrološku vododjelnicu dvaju slivova, sliva rijeke Save te rijeke Drave.
ravnjačke vrste.

Papuk je bogat planinskim izvorima i potocima koji predstavljaju stanište specifičnim ribljim vrstama, vodozemcima, gmazovima te brojnim vrstama vodenih beskralješnjaka. Od vodenih biljaka, posebno se ističu ugroženi borak (Hippurus vulgaris), te tankolisni žabnjak (Ranunculus trichophyllus) i žuta perunika (Iris pseudacorus) koji su rasprostranjeni samo u Europi.

Hladna, bistra voda potoka je stanište autohtone potočne pastrve (Salmo trutta) koja se prirodno mrijesti u gornjim tokovima papučkih potoka, a susreću se još i potočna mrena, peš, uklija, paklara i dr. Ovdje nalazimo još i ugroženu populaciju riječnog raka (Astacus astacus) i kornjače te više vrsta žaba. Vidre (Lutra lutra) ponekad posjećuju papučke potoke. Vodenkos (Cinclus cinclus) je neobična ptica koja zaranja i hoda dnom potoka, tražeći vodene kukce, a uz nju i gorske potoke, stanište je pronašla i gorska pastirica (Motacilla cinerea).

Na izvoru Jankovca otkrivena je endemična vrsta puža, Graziana papukensis, koji živi u sedrenim stijenama na izvorima i potočićima na Jankovcu.

Veza među čovjekom i šumom stara je koliko i sama povijest svijeta. Utočište, hranu, ogrjev i građevinski materijal ljudi su oduvijek u dovoljnim količinama pronalazili u šumama. Šume su i izvor inspiracije umjetnicima i područje za rekreaciju ljudima umornim od gradskog sivila. Šume stvaraju kisik, štite od buke, čuvaju vodne rezerve, sprečavaju eroziju i uništenje tla… Šume su staništa brojnih biljnih i životinjskih vrsta, lišajeva i gljiva. U mladim šumama, s tankim i gustim stablima ili u šumama u kojima se previše sijeku stabla i uklanjaju sušci živi mali broj životinjskih vrsta. Prave šumske vrste mogu živjeti samo u starim, zrelim šumama u kojima nema prevelike sječe i uređivanja. Na popisu ugroženih vrsta našle su se upravo one ptice, kukci, gljive i lišajevi koji žive samo u starim šumama.

Zbog raznolikih reljefnih, geoloških i mikroklimatskih prilika, ali i raznolikosti tla u Parku prirode Papuk nalazimo čak 13 vrsta šumskih zajednica koje prekrivaju oko 96 % površine. Šume hrasta kitnjaka i graba dominiraju područjem do 350 metara nadmorske visine. Iznad toga područja Djedovica3nalazi se zona bukovih šuma. Šume bukve i jele rastu na području iznad 700 metara. Na dijelu južnih, toplih obronaka Papuka i Krndije rastu šume hrasta medunca, sladuna i cera.

Šume Parka prirode Papuk, osobito one stare, podržavaju nacionalno važne populacije ugroženih vrsta ptica. U Parku prirode Papuk gnijezdi oko 18% hrvatske populacije goluba dupljaša (Columba oenas), koji je na popisu ugroženih vrsta i 6,6% europske populacije bjelovrate muharice (Ficedula albicollis). Obje ove vrste gnijezde u manjim ili većim dupljama u starim stablima. Zlatoglavi kraljić (Regulus regulus), vatroglavi kraljić (Regulus ignicapillus) i kreja (Nucifraga caryocatactes), zajedno s planinskim djetlićem (Dendrocopos leucotos), koji se gnijezdi u šumama bukove i jele, predstavljaju izoliranu zajednicu planinskih ptica u ovom dijelu Hrvatske.

OLYMPUS DIGITAL CAMERAVeći sisavci koji obitavaju na ovom području su jeleni (Cervus elaphus), srne (Capreolus capreolus), divlje svinja (Sus scrofa), lisice (Vulpes vulpes) i kune (Martes sp.). Od manjih sisavaca u šumama živi sivi puh (Glis glis), vjeverica (Sciurus vulgaris), poljska voluharica (Microtus arvalis), obični šumski miš (Apodemus sylvaticus) i poljski miš (Apodemus agrarius).

Stare šume su stanište Lobarie pulmonarie, rijetke i ugrožene vrste lišaja koja je nestala iz mnogih europskih šuma. Koraljasti igličar (Hericium coralloides) i Catinella olivacea su rijetke vrste gljiva koje ovise o količini mrtvog drveća u šumama. Na Papuku su pronađene samo na području park-šume Jankovac i posebnog rezervata šumske vegetacije Sekulinačka planina.

Podzemlje Papuka – brojne špilje, jame i ponori – stanište su zanimljivih vrsta beskralješnjaka, ali su osobito važne kao zimovališta i mjesta na kojima se razmnožavaju šišmiši. One se nalaze na najvišem, krškom području planina Papuk i Krndija.

U ponoru Uviraljka zimovanju je zabilježeno 11 vrsta šišmiša čime je taj ponor stekao status značajnog zimovališta šišmiša u europskim razmjerima. Među zabilježenim vrstama je ugroženi velikouhi šišmiš (Myotis bechsteinii), a Uviraljka je i jedino poznato zimovalište močvarnog šišmiša (Myotis dasycneme) u Hrvatskoj.

Ponor Uviraljka se sastoji od više od 200 metara labirinta uskih kanala, a dubok je više od 30 metara. Špilja Kovačica je jedinstvena ponornica duga više od 100 metara. Špilja Suhodolka je najdublja špilja u kontinentalnom dijelu Hrvatske, a dublja je više od 90 metara. U podzemlju Papuka zabilježeno je više od 80 vrsta životinja. Ovdje žive troglobiontske vrste račića, iz roda Niphargus. To je prava podzemna vrsta životinja jer na tijelu nema pigmenta niti razvijene oči.